Cuenta la tradición que en el lugar donde se fundó el municipio existía un sitio sagrado dedicado a una deidad indígena. Durante la época española, se levantó en el lugar un santuario a la Virgen de Chiquinquirá, que se convertiría en lugar de peregrinación.

En 1765, el capitán español Antonio Gómez estableció en su hacienda una capilla dedicada a Nuestra Señora de Chiquinquirá y esto atrajo a nuevos vecinos con casa y cultivos. La capilla de El Santuario fue heredada por Ignacio Gómez, su hijo, quien en 1792 construyó otra capilla alrededor de la cual se formó el caserío. El municipio estuvo bajo la jurisdicción de Marinilla hasta 1838. Su erección como municipio aconteció en 1838.

Este municipio es famoso por que aquí se desarrolló una batalla entre el ejército grancolombiano (dirigido por Daniel Florencio O’Leary, Carlos Castelli y Henry Lutzow) contra el ejército de la Libertad (Dirigido Por José María Córdova, Salvador Córdova más Braulio Henao) el cual perdió y murió José María